一、大陸台商以往多透過第三地（維京群島、薩摩亞群島等）境外公司投資大陸，持有大陸公司股權，但大陸台商為規劃來臺掛牌而進行投資架構重組，改以設立於開曼群島之控股公司作為來臺掛牌主體，惟上開投資架構重組依據中國大陸《財政部、國家稅務總局關於企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號文）及《國家稅務總局關於加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》（國稅函〔2009〕698號文）之規定，將可能使大陸台商之原始股東或境外控股公司衍生相關稅負風險，因而影響大陸台商來臺掛牌意願。

二、常見之大陸台商投資架構重組形態，包括開曼公司取代原海外控股公司（如維京群島或薩摩亞公司），直接控股大陸子公司，並以開曼公司做為來臺申請掛牌主體；及原海外控股公司（如維京群島或薩摩亞公司）之上再架一層開曼公司，並以開曼公司做為來臺申請掛牌主體等二種方式。上開二種常見之大陸台商投資架構重組形態，所產生直接或間接移轉大陸子公司股權交易所得是否課稅之關鍵，均在於為來臺掛牌進行之投資架構重組是否符合「具有合理的商業目的」，而得免計算股權移轉所得，享有免稅待遇，但至今大陸稅務局對此仍未有明確之解釋。雖目前大陸各地稅務局對財稅〔2009〕59號文及國稅函〔2009〕698號文之執行尺度及解釋仍未統一，建議 貴公司（所）協助所輔導之大陸台商及早與大陸當地稅務局做好溝通，並妥為規劃因應。