櫃買中心董事會於民國83年7月28日正式召開，9月26日奉准法人設立登記，並於同年11月1日正式成立。櫃買中心之原始基金來源，係由中華民國證券商業同業公會、台灣證券交易所股份有限公司及台灣集中保管結算所股份有限公司等三單位分別捐助。
櫃買中心董事會具有獨立性及公益性，董事會由董事15人組成。董事除由金管會指派者外，由捐助人自捐助人、專家學者及證券商業者中遴聘之。捐助人擔任董事者，不得超過全體董事三分之一。但證券商業同業公會會員出任董事者，不得低於全體董事三分之一。董事之任期三年，連聘得連任。